民國39年9月於芎林鄉公所成立保健室，於鄉公所辦公廳闢出一室作為辦公之用，辦理預防注射及基礎保健工作。
民國42年7月在農復會補助下，在現址成立芎林鄉衛生所，隸屬新竹縣衛生院。（後改衛生局）
民國50年7月改隸屬芎林鄉公所，業務兼受衛生局之指導。
民國63年7月復改隸縣衛生局。
民國71年4月14日於現址重建辦公廳落成。
民國76年6月27日實施綜合保健護理。
民國79年6月12日與省立新竹醫院合作成立芎林鄉群醫中心。